Samoa tidak memiliki bendera sebelum orang Eropa tiba pada awal abad ke-18, dan sejarah bendera nasional Samoa pada abad ke-19 rumit dan tidak sepenuhnya terdokumentasi. Pada tahun 1899 Inggris Raya, Jerman, dan Amerika Serikat setuju untuk membagi Samoa. Bendera AS secara resmi dikibarkan di atas Samoa Amerika pada tanggal 17 April 1900, dan tetap menjadi satu-satunya bendera resmi selama 60 tahun berikutnya. Pemerintah daerah secara bertahap dikembangkan dan diperluas dengan melibatkan sebagian besar penduduk Samoa. Alhasil, gagasan tentang bendera lokal pertama kali dibahas pada 1950-an. Para pemimpin lokal dan Institut Heraldik Angkatan Darat AS membuat bendera saat ini berdasarkan ide-ide yang diajukan oleh penduduk Samoa. Ini menjadi resmi pada 27 April 1960, hari konstitusi pertama Samoa Amerika mulai berlaku dan peringatan 60 tahun pengibaran pertama AS.bendera di Samoa.
Merah, putih, dan biru pada bendera adalah warna tradisional di Samoa dan Amerika Serikat. Elang dengan cepat memegang di cakarnya dua lambang tradisional Samoa, pengocok lalat ( fue ) dan tongkat perang ( uatogi ). Yang pertama melambangkan kebijaksanaan dari kepala suku tradisional Samoa, dan yang terakhir melambangkan kekuasaan negara.
