Ketika Soviet berkuasa di Turkestan Barat, menjanjikan kesetaraan dan pembangunan untuk semua kelompok etnis, orang Kyrgyzstan memperoleh daerah otonom mereka sendiri pada tahun 1924. Pada tahun 1926 itu dinaikkan menjadi status republik otonom, dan pada tahun 1936 menjadi persatuan republik di dalam Uni Soviet Pada tahun 1953, Kirgiz SSR mengadopsi versi modifikasi dari Bendera Merah Soviet dengan menambahkan garis horizontal biru berbatas putih di tengahnya. Setelah Kyrgyzstan memproklamasikan kemerdekaannya pada 31 Agustus 1991, Kyrgyzstan terus menggunakan bendera Soviet hingga 3 Maret 1992.
Latar belakang bendera baru, yang masih digunakan sampai sekarang, juga berwarna merah, tetapi konon ini berasal dari bendera yang dibawa oleh pahlawan nasional Kirgistan, Manas sang Bangsawan. Di tengah bendera ada matahari kuning dengan 40 sinar, sesuai dengan pengikut Manas dan suku yang dia persatukan; atribut simbolis selanjutnya adalah cahaya, kemuliaan, dan keabadian. Di matahari itu ada lambang merah-kuning dengan dua set bersilangan masing-masing tiga garis, semuanya di dalam sebuah cincin. Ini adalah tampilan bergaya atap rumah tradisional Kirgis, yurt. Beberapa orang Kirgistan masih tinggal di yurt, tetapi sampai pertengahan abad ke-20 mayoritas orang nomaden ini mendirikan yurt kemanapun mereka bepergian. Makna simbolis dari desain ini rumit: hukum bendera berbicara tentang asal mula kehidupan, kesatuan ruang dan waktu, sejarah orang Kirgistan, solidaritas, dan perapian dan rumah.
