City of Boerne v. Flores , kasus di mana Mahkamah Agung AS pada tanggal 25 Juni 1997, memutuskan (6–3) bahwa Undang-Undang Pemulihan Kebebasan Beragama (RFRA) tahun 1993 melebihi kewenangan Kongres. Menurut pengadilan, meskipun undang-undang itu konstitusional mengenai tindakan federal, itu tidak dapat diterapkan di negara bagian.
Di Boerne, Texas, gereja Katolik setempat, sebuah bangunan tradisional bergaya bata, telah menjadi terlalu kecil untuk jemaahnya, dan pada tahun 1993 Patrick F. Flores, uskup agung San Antonio, mengajukan izin untuk memperbesar gereja. Dewan kota menolak izin tersebut, dengan alasan peraturan yang dirancang untuk melestarikan distrik bersejarahnya. Flores mengajukan gugatan, mengklaim bahwa penolakan izin tersebut melanggar RFRA, yang menyatakan bahwa "[g] overnment tidak akan secara substansial membebani pelaksanaan agama seseorang bahkan jika beban tersebut dihasilkan dari aturan penerapan umum." Tindakan tersebut diterapkan pada pemerintah federal dan negara bagian.
RFRA datang tiga tahun setelah Divisi Ketenagakerjaan, Departemen Sumber Daya Manusia Oregon v. Smith(1990), di mana Mahkamah Agung memutuskan bahwa suatu negara dapat menolak tunjangan pengangguran bagi anggota Gereja Pribumi Amerika yang telah dipecat dari pekerjaan mereka karena mereka menelan peyote untuk tujuan sakramental; Pengadilan menjelaskan bahwa undang-undang yang secara resmi netral sehubungan dengan agama dapat diterapkan oleh pemerintah. Sebagai tanggapan, Kongres mengesahkan RFRA, mempersulit pemerintah untuk mengesampingkan kebebasan beragama. Dalam memperluas undang-undang tersebut kepada pemerintah negara bagian, Kongres mengandalkan Pasal 5 Amandemen Keempat Belas, yang memberinya kekuasaan untuk menegakkan ketentuan amandemen tersebut; Amandemen Keempat Belas membutuhkan proses yang semestinya sebelum merampas nyawa, kebebasan, atau properti siapa pun, dan perlindungan yang sama di bawah hukum.
Di Flores , pengadilan distrik federal memutuskan Boerne, menyatakan bahwa RFRA tidak konstitusional. Namun, Pengadilan Banding Fifth Circuit membatalkan dengan menganggap undang-undang tersebut konstitusional.
Kasus ini diperdebatkan di hadapan Mahkamah Agung pada tanggal 19 Februari 1997. Kongres tidak memiliki keleluasaan yang tidak terbatas untuk memberlakukan undang-undang berdasarkan Bagian 5 dari Amandemen Keempat Belas. Kongres memiliki kekuasaan hanya untuk menegakkan ketentuan, pengadilan diadakan, tetapi tidak dapat mengubah hak yang diberlakukan. Akibatnya, Kongres memiliki kekuatan perbaikan untuk mencegah pelanggaran di bawah Amandemen Keempat Belas. Untuk menggambarkan hal ini, pengadilan mengutip Undang-Undang Hak Suara tahun 1965. Pengadilan telah mendukung tindakan tersebut dalam berbagai kasus, menemukan bahwa Kongres memiliki hak untuk memberlakukan "langkah-langkah perbaikan dan pencegahan" yang kuat untuk mengoreksi "diskriminasi rasial yang meluas dan bertahan" di Amerika Serikat. Namun dalam kasus RFRA,pengadilan menemukan bahwa sejarah legislatif tindakan tersebut tidak memiliki "contoh dari setiap contoh hukum yang berlaku secara umum yang disahkan karena fanatisme agama dalam 40 tahun terakhir." Lebih lanjut, pengadilan menemukan bahwa tindakan tersebut "sangat tidak proporsional dengan objek perbaikan atau pencegahan yang seharusnya sehingga tidak dapat dipahami sebagai respons terhadap, atau dirancang untuk mencegah, perilaku inkonstitusional."
Selain itu, pengadilan menemukan bahwa RFRA terlalu luas dan akan menyebabkan gangguan di setiap tingkat pemerintahan. Pengadilan bertanya-tanya bagaimana cara menentukan apakah tindakan pemerintah secara substansial membebani kebebasan beragama seseorang. Pengadilan menyimpulkan bahwa RFRA adalah “gangguan kongres yang cukup besar ke dalam hak prerogatif tradisional dan otoritas umum Amerika Serikat” dan dengan demikian tidak konstitusional ketika diterapkan pada negara bagian. Keputusan Sirkuit Kelima dibatalkan.
